Στο τρίτο εξάμηνο σπουδών ο φοιτητής υποχρεούται να πραγματοποιήσει επιτυχώς την πρακτική άσκησή του, είτε στο Εργαστήριο Ανατομίας του ΔΠΘ είτε σε άλλο Εργαστήριο ή Κλινική Πανεπιστημίου της Ελλάδας ή του εξωτερικού ή αναγνωρισμένο Ερευνητικό Κέντρο ή Ινστιτούτο.
Η πρακτική άσκηση - Μαθητεία περιλαμβάνει την εφαρμογή νέων τεχνικών, μεθόδων ή στρατηγικών στο χώρο της Κλινικής - Χειρουργικής Ανατομίας και η εκπόνησή της μπορεί να αρχίσει με το πέρας του δευτέρου εξαμήνου σπουδών ανεξάρτητα από τον αριθμό των μαθημάτων που έχει περατώσει ο φοιτητής. Το θέμα της Μαθητείας, όπως και το θέμα και η παρακολούθηση της Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας καθορίζεται σε συνεργασία και υπό την εποπτεία Επιβλέποντα Καθηγητή, που ορίζεται για κάθε Μεταπτυχιακό Φοιτητή.
Η μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία (ΔΕ) είναι πρωτότυπη, θεωρητική, εργαστηριακή, υπολογιστική ή βιβλιογραφική εργασία, η επιτυχής ολοκλήρωση της οποίας είναι προϋπόθεση για την απόκτηση του ΜΔΕ.
Η εργαστηριακή μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία είναι πειραματική, ερευνητική εργασία και περιλαμβάνει την πρακτική εξάσκηση σε εργαστηριακές ή/και χειρουργικές τεχνικές, την οργάνωση κλινικών και χειρουργικών πρωτοκόλλων, την κατανόηση της επιστημονικά τεκμηριωμένης ερευνητικής και χειρουργικής πρακτικής. Η θεωρητική μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία αποτελεί προϊόν συνθετικού έργου του ΜΦ, το οποίο συμπυκνώνει τη γνώση σε ένα ευρύ γνωστικό πεδίο της έρευνας στην Κλινική - Χειρουργική Ανατομία. Η υπολογιστική μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία ασχολείται με τη στατιστική ή τη βασισμένη σε μαθηματικούς κανόνες μοντελοποίηση της Ανατομίας του ανθρώπου. Η εκπόνησή της προϋποθέτει την αξιοποίηση υπολογιστών και γνώσεων πληροφορικής για την επεξεργασία δεδομένων και των ευρημάτων της και εστιάζει σε εφαρμογές που θα συνεισφέρουν στην ιατρική κλινική πράξη - χειρουργική τεχνική. Η βιβλιογραφική μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία περιλαμβάνει τη συλλογή, καταχώρηση και κωδικοποίηση των δεδομένων της διεθνούς βιβλιογραφίας σε ένα επιστημονικό πεδίο και την σύνθεση και ανάλυση αυτών των δεδομένων. Αναλυτικές οδηγίες για την εκπόνηση της ΔΕ αναγράφονται στον Οδηγό Συγγραφής Διπλωματικής Εργασίας του Προγράμματος.